Marineford Saga (Anime: Folge 459 – 516, Manga: Chapter 550 – 597 & Vol. 56 – 61)
Ace wurde in der Zwischenzeit ins Marine-Hauptquartier gebracht, wo er hingerichtet werden soll. Dort haben sich bereits 100.000 Elitesoldaten, inklusive der Admiräle, Großadmiral Senghok und die Sieben Samurai, eingefunden, um einem möglichen Rettungsversuch seitens Whitebeard entgegenwirken zu können. Dieser taucht schließlich auch zusammen mit über 40 verbündeten Piratenbanden der Neuen Welt auf Marine Ford auf. Ace, welcher bereits zum Schafott gebracht wurde, möchte nicht, dass seine Nakama ihre Leben für ihn riskieren, doch Whitebeard tut dies ab und meint, dass er Schuld daran trägt; schließlich habe er den Befehl erteilt, Ace solle den Tod Thatch‘ rächen. Kurz darauf beginnt der Kampf, in welchem Whitebeard seine Teufelsfrucht offenbart: Er hat die Fähigkeit an jedem ihm beliebigen Ort Erdbeben zu erzeugen. Auch werden viele weitere Teufelsfrüchte offenbart, wie die von Marco, Sakazuki und Jozu. Im Laufe des Kampfes erreicht Luffy zusammen mit den Gefangenen des Impel Downs das Schlachtfeld. Zusammen kämpfen die beiden Parteien, welche eine Zweckgemeinschaft eingingen, sich nun immer weiter vor. Als die Marine durch die Irreführung Squardos Zweifel bei Whitebeards Verbündeten säen will, kann dieser seine Verbündeten jedoch wieder auf seine Seite schlagen. Im Laufe des Kampfes lässt Senghok nun die, für die meisten unbekannten, Pacifista in den Kampf eingreifen. Diesen sind nur wenige Piraten gewachsen. Durch einen gewaltigen Ausbruch seines Haki gewinnt Luffy Whitebeards Respekt und Unterstützung und schafft somit das Unmögliche: Er erreicht das Schafott. Obwohl nun Senghok seine Teufelsfrucht offenbart, ist es Luffy zusammen mit Mr. 3 möglich Ace‘ Handschellen zu öffnen. Bei der nun folgenden Flucht muss Ace jedoch sein Leben lassen. Sakazuki, welcher eigentlich Luffy angreifen wollte, trifft Ace tödlich. Luffy fällt daraufhin in Ohnmacht. Währenddessen treffen auch die Blackbeard-Piraten auf dem Schlachtfeld ein, nun durch ehemalige Insassen des Level 6 verstärkt. Ihnen ist es möglich den bereits stark geschwächten Whitebeard zu töten. Durch bisher ungeklärte Umstände gelingt es Blackbeard daraufhin, sich zusätzlich zu seiner Finsterfrucht, auch noch die Teufelskräfte Whitebeards anzueignen, woraufhin er der Welt den Krieg erklärt.
Der ohnmächtige Luffy wird unterdessen auf Laws Schiff gebracht, welcher gekommen ist, um Ruffy zu retten, da es seiner Meinung nach langweilig wäre, wenn dieser bereits sterben würde. Auch Jinbei wird dorthin gebracht. Trotz aller Versuche ist es den drei Admirälen nicht möglich die Flucht Ruffys zu verhindern.
Durch eine Intervention von Shanks wird der Krieg nun für beendet erklärt. Auch Blackbeard entfernt sich mit seiner Mannschaft.
Luffy wird auf die Insel der Frauen gebracht, um sich von seinen Verletzungen zu erholen. Doch der Verlust von Ace hat die Psyche des jungen Piraten stark beschädigt. Schwer von seinen Wunden gezeichnet erinnert er sich an seine Kindheit mit Ace und Sabo zurück.
Luffy wurde vor zehn Jahren von Garp zu Dadan, einer Bergräuberin gebracht. Dort war auch Ace, doch der konnte Luffy nicht leiden. Luffy lief Ace immer hinterher und verfolgte ihn bis zum Gray Terminal, wo er auch den Freund Ace‘, Sabo, kennenlernte. Luffy wurde dort von Porcemi, einem Piraten, gefangen genommen, weil Ace Porcemi Gold gestohlen hatte und Luffy Ace zu kennen schien. Porcemi folterte Luffy, doch er verriet das Versteck von Ace und Sabo nicht. Als die beiden das realisierten, kamen sie Luffy zu Hilfe und besiegten Porcemi. Da es am Gray Terminal für die Jungs nun zu gefährlich geworden war, zogen sie zu Dadan. Porcemi wurde von seinem Kapitän Bluejam getötet.
Es stellt sich heraus, dass Sabo der Sohn eines Adligen ist und sich aus Abscheu vor seiner eigenen Herkunft als Waisenjunge ausgab, doch Luffy und Ace interessieren sich nicht für Sabos Abstammung. Als jedoch Sabos Vater mit Bluejam auftaucht, um seinen Sohn zurückzuholen und droht, die Jungs zu töten, geht Sabo mit seinem Vater.
Inzwischen hat der König von Goa beschlossen, aufgrund des Besuchs eines Weltaristokraten das Gray Terminal in Brand zu stecken. Sabo, der davon erfährt, will die Bewohner informieren und versucht, aus der Oberstadt zu fliehen, doch die Wachen lassen ihn nicht ins inzwischen lichterloh brennende Terminal. Verzweifelt trifft er Dragon, der entsetzt ist, wie sehr dieses Land die Seelen der Kinder verdirbt.
Luffy und Ace, die sich im Inferno des Gray Terminal befinden, drohen den Tod zu finden, denn Bluejam, der das Feuer gelegt hat und vom König hereingelegt worden ist, will sie nicht gehen lassen. Doch mit Hilfe von Dadan und den Bergräubern können sie fliehen. Dadan und Ace bleiben mehrere Tage verschwunden, tauchen später jedoch schwer verwundet wieder auf.
Sabo hat sich nach dem Brand des Gray Terminal dazu entschlossen, als Pirat in See zu stechen, doch sein Boot wird vom eintreffenden Weltaristokraten versenkt und Sabo gilt als verstorben. Die Trauer der Brüder im Geiste ist groß, aber sie schwören sich, ein Leben ohne Reue zu führen.
Luffy beschließt, dass er zu schwach für die Neue Welt sei. Er begibt sich mit Jinbei und Rayleigh erneut nach Marine Ford und veranstaltet dort einen Aufruhr. Dies wird von Fotografen aufgezeichnet und über die Welt verteilt. Ruffy malte sich ein Tattoo auf, wodurch er seinen Mitstreitern eine Nachricht zukommen ließ: Sie sollten erst in zwei Jahren wieder zusammenfinden. Seine Crew verstand seine Nachricht und somit beschlossen alle auf der jeweiligen Insel zu bleiben, auf welcher sie dank Bartholomäus Bär gelandet waren. Luffy selbst wurde von Rayleigh auf eine Insel gebracht, auf welcher er Haki erlernen sollte.